蛋白質是由多個氨基酸經過脫水縮合連接在一起形成的 。氨基酸是蛋白質的基本組成單元 ，其排列順序即蛋白質的序列信息是蛋白質的一級結構 。蛋白質的一級結構決定了蛋白質其它高級結構 ，並定義了蛋白質的功能 。因此 ，對蛋白質進行序列分析有助於蛋白質的結構和功能的分析 。


蛋白質的序列分析技術主要可以分為質譜法和非質譜法 。其中質譜法可以用於蛋白質的末端（N端或C端）測序 ，也可以用於蛋白質的全序列測定 、從頭測序和突變分析 。非質譜法中有名的當屬Edman降解法 ，它主要用於蛋白質的N端測序 。